水环境治理，特别是水环境综合治理，是一个系统的多专业交叉的领域。通常来说，水环境与土壤不可分割，所以既有了环境岩土工程的说法，比如说过度抽取地下水对城市地面沉降的影响，这就是水对岩土工程的影响。

水环境治理，也有工程方面的问题，比如这些年由于地面硬化导致城市在暴雨来袭时雨水来不及渗入地下，而在地表形成径流和积水，导致城市内涝问题。所以这些年开始倡导海绵城市问题。海绵城市，属于水环境治理的一个分支。但该分支直接影响到市民们的生活安全和生活水平，所以尤为重要。

水环境治理，往往是一个区域的治理任务。比如沿长江流域的治理，或环太湖的水环境治理。就属于长江7省市或太湖三省的综合治理，而不是一家一地就可以治理了的。这时候需要中央统一协调，综合治理。

水环境综合治理，又是多专业的合作，比如有地下水杂质的剔除，重金属的物理化学治理等，生物生态治理等。